Da wird wahrscheinlich eher das Mainboard einen Schaden haben.
Das die 5090 diesbezüglich defekt sein soll, kann ich mir einfach nicht vorstellen.
Eine Sache muss ich aber noch als letzte Instanz versuchen, nämlich noch die CPU & den Sockel kontrollieren, ob da nicht evtl. ein kleines Kontakt problem bei irgendeinem Pin auf dem AM5 Sockel besteht. Der betreffende PCIe 5.0 Controller sitzt ja auf der CPU, und auch wenn die Wahrscheinlichkeit sehr gering ist, besteht dennoch die Möglichkeit, das genau der eine Pin (evtl. verschmutzt?) die ganze PCIe 5.0 Problematik beim x16_1 Slot verursacht.
BTW, auch ersteinmal mit "nur" PCIe 4.0 ist die Leistung meiner 5090 wirklich sehr gut (max. 1% Einbußen zu GEN5), und was die Silikon-Lotterie angeht, habe ich eine sehr gute Karte erwischt.