Seite 5: Benchmarks: Simulationen

Kommen wir zu im High Performance Computing (HPC) üblichen Anwendungen wie Simulationen. LAMMPS ist ein sogenannter Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator, der unter anderem Molekulardynamik-Simulation ausführen kann. Im Mocassin wird über eine Monte-Carlo-Simulation ein ionisierter Nebel im Weltraum simuliert. NAMD ist wieder ein Programm zur Simulation molekulardynamischer Prozesse.

Auch hier werden wieder so viele Threads wie möglich benötigt bzw. die Kerne können von der Software mit Hyper Threading bestmöglich ausgelastet werden, so dass diese Option natürlich aktiviert war. Das SNC2 war bis auf die LAMMPS-Simulationen abgeschaltet.

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

20.000 Atome

ns/Tag
Mehr ist besser

LAMMPS Molecular Dynamics Simulator

Rhodopsin-Molekül

ns/Tag
Mehr ist besser

Monte Carlo Simulation

Nebel 2019-03-24

Sekunden
Weniger ist besser

NAMD - Scalable Molecular Dynamics

ATPase Simulation (327.506 Atome)

Tage/ns
Weniger ist besser

Auch für diese Anwendungen, bei denen die Anzahl der Kerne ein entscheidender Faktor zur Skalierung der Leistung ist, liegen die neuen Ice-Lake-Prozessoren deutlich vor ihren Vorgängern. Im Falle der Simulation molekulardynamischer Prozesse kann man die Zahlen aber noch etwas verdeutlichen, denn anstatt 25 ns pro Tag simulieren zu können, sind es nun 39 ns pro Tag und je nachdem wie komplex die Modelle werden und welche Zeiträume simuliert werden sollen, entspricht dies einer deutlichen Zeitersparnis.