Wenn du durchweg symmetrische Audioverbindungen hast und trotzdem solche Probleme auftreten, dann leidet der Sub wohl unter einem Konstruktionsfehler, der im englischsprachigen Raum als "pin 1 problem" bekannt ist. Helfen wird dann nur ein Umbau des Subs nach den Empfehlungen von AES48-2005 (XLR Pin 1 auf kürzestem Wege an Chassis) oder die Verwendung eines XLR-Kabels mit unterbrochenem Schirm zwischen RME und Sub. Wundere dich nicht, wenn die XLR-Buchse intern über ein dreiadriges Flachbandkabel o.ä. verbunden ist und Pin 1 auf die lokale Audiomasse geht.
Das Problem an einer solchen Konstruktion: Damit können auf dem Schirm laufende Ausgleichsströme einen Spannungsabfall zwischen Audiomasse am Eingang und zentralem Massepunkt im Gerät erzeugen, und weil die Schaltung intern i.d.R. nicht symmetrisch ausgeführt ist, macht das dann die Mühen der symmetrischen Eingangsstufe zumindest zum Teil zunichte. Der PC unter Last ist eine ganz wunderbare Quelle für eben solche Ausgleichsströme, die sich dann über die USB-Verbindung ihren Weg suchen.
(Deswegen kann man übrigens auch die Sauberkeit von Audioausgängen am PC nicht wirklich mit einem Oszi messen.)
Als Würgaround wäre noch denkbar, dem RME-Chassis knallhart eine solide Verbindung zu einer bekannt sauberen Masse zu spendieren, die so gut wie möglich der das Subs entspricht. Dann hast du quasi einen Spannungsteiler aus dem USB-Kabel-Schirm und dem separaten Erdungskabel.
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