Deine Hauptplatine hat zwei Marvell Controller an Board. Der Marvell 88SE6111 Controller ist nur für den PATA und den eSATA Anschluss zuständig. Die Typenbezeichnung des anderen, der die zwei 6Gb/s Anschlüsse steuert, steht leider nicht im Handbuch. Ob es sich lohnt die SSD an einen der beiden SATA 6Gb/s Anschlüsse des Marvell Controllers anzuschließen, hängt davon ab, wie dieser angebunden ist und was für eine SSD du überhaupt kaufen möchtest und auf welche Leistungsdaten du Wert legst.
Ist der Controller nur über eine PCIe Lane der Version 1.1 (wie alle von der Southbridge deiner Hauptplatine zu Verfügung gestellten) angebunden, sind maximal 250 MB/s (insgesamt für beide Anschlüsse) drin und das nur in der Theorie. Wurden zwei PCIe Lanes per Multiplexer zusammengeschlossen (alle Mavell SATA 6Gb/s Controller unterstützten damals, als deine Hauptplatine entwickelt wurde, nur eine PCIe Lane), stehen insgesamt 500 MB/s an Bandbreite für beide 6Gb/s Anschlüsse zu Verfügung. In der Praxis bleiben davon in etwa knappe 400 MB/s übrig. Eine 6Gb/s SSD könnte am Marvell bei den sequenziellen Transferraten (also beim Übertragen von größeren Dateien) etwas schneller sein, als am OnChip Controller. Bei den für ein Systemlaufwerk wichtigen 4k-Werte ist in der Regel der OnChip Controller aufgrund der besseren Anbindung schneller als ein separater Controller (egal, ob OnBoard oder als Steckkarte).
Die SSD kannst du übrigens problemlos an einen Anschluss des OnChip Controllers von Intel hängen, selbst wenn dieser im RAID-Modus läuft. Die läuft dann als Einzellaufwerk einfach mit und auch Trim funktioniert bei Intel in diesem Controller-Modus.
Wenn du dir eine billige SSD mit lahmen asynchronen NAND kaufen möchtest, die trotz irreführenden Herstellerangaben selbst bei den sequenziellen Transferraten kaum über die 300 MB/s Marke hinaus kommt, können wir uns die oberen Überlegungen sparen. Denn dann ist das wirklich egal.