Mir würden 3 Möglichkeiten einfallen:
Wenn's wirklich nur das aufpoppen des Fensters selbst ist, das nervt: Verknüpfung mit "Ausführen: Minimiert" in den Verknüpfungseigenschaften in den Autostart-Ordner legen.
PowerShell hat ein WindowStyle Startparameter, das man auf Hidden setzen kann. Was auch immer das cmd Skript macht lässt sich vermutlich auch direkt in PowerShell erledigen erledigen. Ansonsten kann man natürlich auch cmd starten um das Skript auszuführen:
%SystemRoot%\system32\WindowsPowerShell\v1.0\powershell.exe -WindowStyle Hidden -Command cmd /C <Pfad zum eigentlichen Skript>
Dabei taucht aber immer noch für einen Sekundenbruchteil ein Fenster auf.
Für absolute Ruhe kann man eine Geplante Aufgabe für das cmd Skript mit Benutzeranmeldung als Trigger erstellen und dann in den Eigenschaften unter Allgemein → Sicherheitsoptionen "unabhängig von der Benutzeranmeldung ausführen" auswählen. (Die Aufgabe startet dann natürlich trotzdem nur bei Anmeldung)