Wenn man nur wenig auf die Platten schreibt, kann man die Platte auch im IDE Modus lassen. Wenn man aber zum Beispiel oft viele Dateien parallel runterlädt/hochlädt, also gleichzeitigen Zugriff auf viele Dateien hat, sollte NCQ der Platte doch einige überflüssige Kopfbewegungen sparen, was sich zumindest auf die Lebensdauer der Platte positiv auswirken könnte.
Das ist jedenfalls meine persönliche Meinung, Messungen dazu kann ich nicht anbieten, aber es ist logisch. Ich meine aber, sogar mal Benchmarks gesehen zu haben, die einen klaren Vorteil für NCQ zeigen, wenn man zum Beispiel mehrere Dateien gleichzeitig kopiert.