Wenn Du das SP2 nächträglich auf ein bereits ziemlich zerlegetes Windows installierst gebe ich Dir darin recht, dass es diverse Probleme mit sich bringen kann. Aber auch das geht normal problemlos.
Der grosse Rest ist aber absolut nur Hirngespinst. Ich kenne keinen Crack der deswegen nicht mehr geht, das hat damit überhaupt nichts zu tun. Windows an sich läuft mit dem SP2 tendenziell schneller und problemloser also ohne. Sachen wie das Sicherheitscenter sind schnell wegkonfiguriert.
Ich würde Dir auch die Methode mit dem Slipstream empfehlen.
Das Beste ist meiner Meinung nach:
- BIOS updaten (Gewisse alte machen Probleme mit SP2)
- XP SP2 installieren
- Partitionen für System und Programme trennen ist empfehlenswert aber kein Muss
- (Windows auf benutzbar umkonfigurieren)
- Neuste Chipsatztreiber installieren
- Patches und MS-Programmupdates installieren
- Grafik- und restliche Treiber installieren
- Programme installieren
- Restliche Konfigurationen vornehmen (Programme, Dienste, Autostart, Temporäre Dateien entfernen, Auslagerungsdatei von Systempartiton wegverschieben, Defragmentieren, ...)
- Backup erstellen
Bei 4. spiele ich darauf an, dass nicht mal der Arbeitsplatz auf dem Desktop ist nach der Installation.

5. kommt vor 6. weil es gut ist, wenn das System möglichst früh die "Hardware kennt", viele Informationen sind im Chipsatztreiber. Umgekehrt wäre aber auch kein Drama.
9. Kommt zuletzt, weil sonst Treiber- und Programminstallationen oft wieder die Konfiguration der Dienste und Verknüpfungen verändern, selstamerweise machen das viele schon vorher.
Natürlich ist es immer gut für Punkt 5-8 z.B. das WinBoard.org Update-Pack, Programmupdates wie den MediaPlayer10 sowie die neusten Treiber und Programme bereits zur Hand zu haben.