Schau Dir halt mal ein paar Boards an, z.B. bei Alternate. Teilweise gibt es Abweichungen von einigen Millimetern, aber wohl höchstens 1,5cm.
Größere Abweichungen gibt es aber bei den ATX-Steckerpositionen.
Wenn Du Dir Sorgen machst, ob der CPU-Kühler irgendwo ansteht, würde ich ein größeres Gehäuse nehmen, oder eins mit unten liegendem NT, oder aber eins, wo das MB auf dem Kopf steht (BTX). Allerdings kann da der Kühler dann direkt an der Gehäusewand anstehen.
Mein Tip: Schau in den Sammelthreads zu den MBs Deiner Wahl und schau nach den Kühlerkompatibilitätslisten. Bei den Gehäusen kannst Du genauso verfahren. So kannst Du wunderbar Anregungen sammeln für Deinen Rechner. Wenn Du einen Händler vor Ort hast, kannst Du dort auch einige Kühler testen, ob sie irgendwo anstehen. Kostet vielleicht mehr als im Online-Shop, aber dann kannst Du sicher sein, daß es paßt.