So, Umbau erledigt.
Habe die Box doch wieder mit dem Pad befestigt. Ergebnis, kein unterschied zum alten Case (Chieftec DX). Ich nehme immer noch keine Geräusche wahr. Der Abstand vom Case -> Ohr beträgt dabei ca. 1m.
Netter Nebeneffekt, die HDD Temperatur ist um 1-2 °C gesunken. Liegt wohl an...