Wärme landet so oder so im Gehäuse, da du die Lüfter bestenfalls so anbringst, dass sie den Radiator mit Frischluft versorgen.
Effektiv ist es also wurst, ich würde es halt da montieren, wo du die Schläuche besser unterkriegst und es dir optisch mehr zusagt.
Edit: Ich denke natürlich, dass die Grafikkarte auch unter Wasser ist... ist sie aber wohl nicht, daher möchtest du doch möglichst wenig warme Suppe im Case.
Würde ich dann Top intake anbringen und falls noch nicht verbaut Heck exhaust.