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Meiner Erfahrung nach sind Latenzprobleme immer auf Treiber zurück zu führen.
Ganz oben in der Liste: LAN Treiber (Killer LAN, usw.), WLAN Karten. Dann alle USB Geräte prüfen (wie schon erwähnt). Kartenleser können es auch mal sein.
Und nicht zu vergessen; veraltete Soundkartentreiber.
Zudem würde ich Software deinstallieren, die du nicht benötigst. Tuning Programme z.B.
Kann dir bei dem X99-A nur empfehlen, auf die ältere aber bessere Bios Version 1004 zu flashen. Mit dem neuesten Bios war mein System ebenfalls nicht Stabil.
Gleiches Board + CPU:
Ansonsten mal ALLE Power Saving Features im Bios deaktivieren und Energieeinstellungen auf Hochleistung setzen.
Windows beim Komponentenwechsel Neu installiert?