Also... Wie gesagt: Grundsätzlich absolut kein Thema. Gib mal ein paar Info's preis über das Gerät, dann kann ich dir vielleicht mehr sagen.
Es gibt Win CE und Win CE... die einen funktionieren über Active Sync, die anderen haben ein verstecktes Windows und laufen quasi als externes Laufwerk an deinem Rechner. Je nach wie muss man halt anders vorgehen bei der Manipulation, um eben eine andere Software wie die eigentliche zu laden. Grundvorgang ist prinzipiell der, daß du den eigentlichen Bootvergang - nachdem im Hintergrund für dich nicht sichtbar win CE gestartet wurde - "umleitest" auf die neue Software, mehr ist in der Regel nicht notwendig.
Eine andere Windows CE aufspielen ist meistens nicht möglich und in der Regel auch nicht notwendig, da diese meistens auf einem ROM gespeichert sind. Hat natürlich den Vorteil, daß, wenn deine Bastelarbeiten fehl schlagen und du ein Backup deiner Navisoft hast, dich ein Hardreset rettet...