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Wenn es Probleme mit dem Dateisystem gibt, dann kann das schon "gefährlich" sein.
Als Erstes: BackUp der wichtigen Daten machen. Danach mit windows-eigenen Tools und mit Hersteller-Tools die Platte checken. Schau dir auch mal dein Windows an, ob evtl. defekte Treiber zu Fehlern beim Herunterfahren führen.