Naja also Klinke ist schonmal der eher schlechtere Weg, weil ich mal mutmaße das der D/A/ - A/D Wandler in deinem AVR bestimmt um Längen besser ist als der von deinem Sounddevice vom Computer

(im schlimmsten Falle irgendwas OnBoard und keine separate Soundkarte)
HDMI ist schonmal nicht unbedingt übel, wenn es vom Rechner (oder anderem Zuspieler) direkt erstmal zum AVR geht, der dann wohl erst das Bildsignal erst zum Bildschirm weiterleitet (weiteres HDMI-Kabel)
Zuallerersteinmal würde ich dir dringlichst empfehlen alle verschlimm-"Verbesserungen" abzuschalten soweit möglich, geht mit der rechten Mauste auf den Lautsprecher und dann "Wiedergabegeräte", per doppelklick kannste da einiges einstellen.
Unter "erweitert" solltest du immer 2 Kanal 16-Bit 44100Hz eingestellt haben, wenn dein AVR so wie meiner anzeigen kann was er da bekommt für ein Signal und dann auch anzeigt das er das bekommt während dem Testen dann ist schonmal die Halbe Miete.
Problematik ist nun das ich dir nur bedingt helfen kann weil ich den AVR nicht kenne.
Onkyo hatte ich mal nen alten TX-7630 und da wär in deinem Fall, wenn dieser denn nen Ausgang für Subwoofer gehabt hätte "CD Direct" der verkehrte Weg gewesen, denn dann nutzte er nur die Kanäle die er auch bekommt.
Ob das bei aktuelleren Mehrkanal Vollverstärkern/AV-Recievern immernoch so ist das weiss ich leider nicht. (von der benennung her)
Kannst du eventuell Fotos vom Display machen und alle Einstellungen mal zeigen, ggf. falls er das kann/macht OSD was an deinen Bildschirm so gesendet wird ?
Bei letzterem hast du wahrscheinlich deutlich mehr pro Foto in einem Rutsch an Optionen gezeigt.
Im groben und ganzen tendiere ich in deinem Fall aber eher dazu HDMI zu nutzen, weil eben digital der bessere Weg ist.
SPDIF ist meiner Erfahrung nach aber eigentlich zuverlässiger als HDMI, weil letzeres noch nicht so ausgereift ist, insbesondere wenn es um bitgenaue Wiedergabe geht und Musik hören.
Ich vermute mal du verwendest einfach nur den verkehrten Modus und ggf. dazu die verkehrten Einstellungen beim AVR.
Gruss Dennis50300
PS:
Was einem manchmal viel Zeit kostet, aber einiges bringt im Nachhinein ist immer das Benutzerhandbuch.
Danach kennt man sich doch sehr sehr gut mit seinem AVR aus und kann den auch vernünftig konfigurieren
Sehr interessant wäre es auch zu wissen was das genau für einer sit von Onkyo, denn dann hat eventuell jemand denselben oder ähnlichen und kenn sich wohl auch aus und kann dir besser helfen.