Lad' Dir Virtualdub Mod runter.
Ist Freeware und da kannst Du bequem unter "Streams" Tonspuren deaktivieren / exportieren - dann bearbeiten und neucodieren und wieder hinzufügen sowie mehrere Tonspuren hinzufügen.
Dann beim Speichern auf "Direct Stream Copy" (damit er nix neuberechnet) und fertig.