Die Reihenfolge ergibt sich bei SATA-Festplatten nicht durch die Jumpersetzung sondern durch den Anschluss an den Hostadapter bzw. ans Mainboard. SATA Festplatten kennen keine Master/Slave-Jumperung. Die SATA Ports auf dem Mainboard sind durchnummeriert von z.B. 0 bis 3. Die Festplatte am Port mit der niedrigsten Nummer wird als erstes initiiert und die am Port mit der höchsten Nummer als letztes (bei einem zweiten oder gar dritten SATA-Hostadapter auf dem Board entscheidet die Einstellung zur Boot-Reihenfolge im BIOS welcher Hostadapter zuerst abgefragt wird).
Schau einfach im Handbuch des Mainboards nach welcher SATA Port welche Nummer hat und schließe die Platten entsprechend an. Sollten mehrere SATA Hostadapter auf dem Board vorhanden sein, schließe die Platten an die Ports des nativen, also im Hauptplatinenchipsatz integrierten SATA-Hostadapter an (meist im BIOS mit OnChip gekennzeichnet).
Die Boot-Platte kannst du übrigens im BIOS meist direkt auswählen ohne auf die Anschlussreihenfolge achten zu müssen.
