Und diese vordefinierte Datenstrucktur von Microsoft ("Bilder", "Dokumente", "Musik", "Videos") ist dämlich!
Aber die ist auch nicht relevant, weil wie du selbst geschrieben hast, wurde das gesamte Homeverzeichnis des Benutzers mitgenommen. Hätte also auch geklappt, wenn du deinen "Sommerurlaub 2025" Ordner eben im Homeverzeichnis statt auf D: angelegt hättest.
Der Sinn dieser Migrationstools ist aber meist eher weniger sämtliche Nutzdaten einzusammeln, sondern überwiegend System- und Programmeinstellungen aufs neue System zu übernehmen, die da meistens unter %appdata% gespeichert werden... ob man will oder nicht... der Benutzer greift idR nie direkt auf diese zu und kann auch nicht aktiv auswählen wo die hin gespeichert werden. Der Ordner ist ja sogar "versteckt", weil man da eigentlich händisch drin rumpfuschen muss/soll.
Beispielsweise ein Ordner "Sommerurlaub 2025".
In diesem Ordner ist ausnahmslos alles drin, was den Sommerurlaub 2025 betrifft.
Also Bilder, Videos, Buchungsunterlagen, sonstige Dokumente, etc. etc.
Das ist Geschmackssache und nutzungsspezifisch. Wenn ich das so machen würde, hätte ich 5000 Ordner in dem jeweils nur 1-2 Bilder liegen.

Und das MP3 des 2025er Sommerhits hast du dann auch in diesem Ordner gespeichert, weil du es da zum ersten mal gehört hast, statt in deiner Musiksammlung?
Wie man seine Daten organisiert, kann und soll jeder selbst entscheiden. Vorteilhaft ist lediglich, das man das möglichst gesammelt an einem Ort tut, denn dann kann man auch einfach Backups erstellen ohne Daten aus 50 verschiedenen Stellen zusammenklauben zu müssen (galls überhaupt Backups gemacht werden), oder eben auf einen neuen Rechner kopieren.
Eine separate Partition oder Festplatte zu verwenden finde ich mittlerweile überholt und unnötig. So benutze ich schon seit langem einfach das Homeverzeichnis (nicht zwangsläufig die vordefinierte Ordnerstruktur), das macht vieles einfacher, weil quasi alle Programme diesen Ort wenn man irgendwas speichern will schon standardmäßig vorschlagen.
Ich weiß ja nicht, wie Technik-Affin dein Vater ist, aber ich würde da mal direkt aufräumen und alle Daten zentral in einem Ordner speichern.
So hab ich das auch bei meinen Eltern gemacht. Da die sowieso keinen Sinn dafür haben "was wo gespeichert" wird oder werden soll, wird meist sowieso einfach nur auf "Speichern" geklickt und dann liegt das Zeug eben irgendwo im Homeverzeichnis. Wie meine Eltern das im Homeverzeichnis organisieren oder ob sie es überhaupt irgendwie organisieren ist mir komplett egal.
Beim Rechnerwechsel oder einer (malwarebedingten) Neuinstallation mit vorheriger Formatierung wird einfach das komplette Benutzerverzeichnis einmal rüberkopiert. Fertig.
Die alte Festplatte wird dann im Schrank aufbewahrt, falls noch irgendwas auffallen sollte was vergessen wurde. Wenn nach 1-2 Jahren nichts weiter vermisst wird, bleibt die alte Festplatte noch länger nutzlos liegen, oder sie wird irgendwann sachgemäß entsorgt.
Und bei den Gelegenheiten kommt immer die Frage von mir: Habt ihr regelmäßig Backups gemacht? Was grundsätzlich mit Nein beantwortet wird und darauf antworte ich dann: Dann kann ich das jetzt nur pauschal einmal rüber kopieren und wenn dann doch was fehlt, habt ihr halt Pech gehabt, ich habs euch oft genug gesagt.