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Hab auch Win 7 Pro x64 mit der STX am laufen und kann das Verhalten nicht reproduzieren. Ich nutze die "PCI-STX-090923-V81775-Vista_W73264-RC-01.zip" Treiberversion. Spuckt der Eventviewer von Windows eventuell was aus (eventvwr.msc /s)? Hast du was beim Autostart geändert?
Hatte Probleme mit dem 1006er und erst recht mit dem 1009er (sag nur Intel-RAID) BIOS. Die aktuelle Version 1105 läuft dafür super. Um wieder aufs Thema zu kommen - ich habe auch probiert das BIOS zu downgraden - habs mit den Hausmitteln nicht geschafft und dann kam das 1105. ABER ich hatte ein...
Hab zwar kein IPhone, aber auch massig Probleme mit USB <-> Handy gehabt. Lief dann alles ab dem 1006 BIOS. Seit dem 27. gibts das 1105 BIOS, was ich auch nutze und mit dem ich auch keine Probleme habe. Einfach mal testen!