Der Sichtbarste Unterschied zwischen dem DS3 dem DQ6 bzw. DS4 ist die Heatpipe- Kühlung. Bei dieser Art von Kühlung wird zugleich die SB mit gekühlt, was bei dem DS3 nicht der Fall ist. Diese Methode hat jedoch einen Nachteil. Bei Verwendung von Mainboards die kopfüber in dem Gehäuse eingebaut werden funktioniert diese Kühlungslösung leider nicht.
Ein weiterer Unterschied zwischen den beiden Mainboards is der zweite PCI Express 16 Slot beim DQ6 sowie zwei zusätzlich Sata2 Anschlüsse (anstatt 6 sind bei diesem Mainboard 8 vorhanden). Dessweiteren besitzt das DQ6 eine 12 Phasen CPU Stromversorgung, die für eine erhöhte Stabilität sorgen soll. Diese Funktion ist nur dem Spitzenmodell vorbehalten und findet beim DS3 sowie DS4 keine Verwendung. Ein weiterer Punkt mit dem das DQ6 auftrumpfen kann ist die kommende Vista unterstützung sowie weitere Verbesserungen in Sachen Audio (Dolby und DTS Unterstützung, 8-Kanal High Definition Audio). Dessweiteren besitzt das DQ6 "Quad Bios" welches ermöglicht soll, 4 verschiedene Kopien zwischen Flash- ROM, Festplatte und Treiber CD zu erstellen um so Viren vorzubeugen. Dies dürften die Hauptunterschiede des DQ6 und des DS3 sein. Das DS4 ist nur unterscheidet sich nur maginal gegenüber dem DQ6. So wurde hier z.B. auf Quad Bios, Vista unterstützung und der 12 Phasen Stromversorgung verzichtet.
