Der S-ATA-Stecker sieht ebenfalls die Stromversorgung mit 3,3V vor. Von allen mir bekannten Platten werden aber nur die bisher üblichen Spannungen 5V und 12V genutzt, daher bieten einige HDDs auch noch die Möglichkeit der Stromversorgung sowohl über Molex-Stecker (herkömmlich) als auch die neuen S-ATA-Stecker. Da die 3,3V auch noch von keiner (?) Platte genutzt wird ist es auch ohne Probleme möglich einen Molex -> S-ATA Adapter einzusetzen (3,3V werden nicht zur Verfügung gestellt).
Einen Vorteil hat der S-ATA-Stecker dennoch: Er ist Hot-Plug-Fähig. Alle S-ATA-Steckverbindungen können während dem Betrieb getrennt und wieder hergestellt werden. Das solltest du mit dem Molex-Stecker tunlichst unterlassen.
Du solltest aber auch wissen, dass du eine S-ATA-Platte nur abtrennen solltest, wenn sie vom System abgemeldet ist, also keine Zugriffe mehr stattfinden...