Unterschiede sind vielzählig.
Wie schon geschrieben wurde ist es meist die Ausstattung die den Preis bestimmt, also Anschlüsse und Features. Dazu zählen auch Heatpipes um die Stromanbindung der CPU. Und ggf. Einstellungsmöglichkeiten im BIOS.
Dann spielen auch die Wahl der Kondensatoren und anderer Elektronikbausteine eine Rolle, was der Laie oder sogar der Amateur auch oft nicht richtig einschätzen kann.
Hinzu kommt auch die Dicke des Boards, also die Anzahl der Schichten (Layer).
Gern lassen sich Hersteller natürlich auch ansprechende Farbkombinationen und eben so gerne beschriftete Kühler bezahlen.
Wie immer bei Hardware gilt: je höher die Preise werden, desto weniger werden die Unterschiede dessen, was geboten wird.
Und "besser" ist im PC Bereich auch keine Konstante. Denn "besser" ist relativ.
Was ist für dich besser:
Ein möglichst buntes Board oder ein schlichtes?
Willst du deine CPU übertakten?
Welche CPU willst du übertakten?
Normal oder bis zum Maximum?
Brauchst du RAID, eSATA, eSATAp, FireWire?
OnBoard Reset, Power und BIOS Reset?
OnBoard Grafik/Sound/Lüftersteuerung?
Die Liste könnte man noch weiter führen. Der Punkt ist, was "besser" ist, ist für jeden anders.
Also ist die Antwort auf deine Frage: Nein!
Die reine Leistung des Systems wird von CPU, GraKa und ein wenig vom RAM bestimmt. Der Chipsatz spielt eine untergeordnete Rolle und das individuelle Board macht in der Praxis praktisch keinen Unterschied ob 50€ oder 250€.