Hier ist eine ähnliche Konstruktion zu sehen: http://www.hardwareluxx.de/community/showpost.php?p=12409965&postcount=2377
Da ist die Heatpipe noch etwas höher, aber dennoch sollte es so nicht funktionieren. Tray einschieben und dann einsetzen könnte noch funktionieren, aber vllt. musst du dann...