Wieso Kompatibilitätsproblem? Entweder du integrierst die SATA-Treiber in eine "neue" Installations-CD oder du schaust mal im BIOS, ob du auf "SATA-Native" umstellen kannst...dann wird auch die HDD erkannt...
Dein Problem ist eigentlich keines. Zumindest nicht aus meiner Sicht...
Viel Erfolg...