Wenn Du mit fixmbr den MBR (Spur 0) wiederherstellst, dauert der Bootvorgang dann genauso lange? Vorsicht, der Bootloader geht hierbei verloren!
Sollte es nicht so lange dauern, solltest Du dir mal die grub.conf file genauer angucken...
Ich habe sowas in dieser Form noch garnicht gehört, aber...