also ganz klar raid level5 und 3 * 250 GB Festplatten (dann bleiben dir noch 500 GB)
den rest würd ich nach Leistung ausgeben, evtl auch an gute kühlung und USV denken
entscheidend ist wohl auch das Betriebssystem, für Linux kannst ja Opteron nehmen dank 64 bit, Windows unterstüzt ja nur 32...