Ohne das Gehäuse zu kennen: Hat vielleicht die Bodenplatte bereits so kleine Ausbuchtungen, auf denen das Board aufliegt? Die würde dann für den Abstand sorgen, auch ohne Messingabstandshalter.
Nur so 'ne Idee.
Andererseits: Wenn das Mainboard prinzipiell zu hoch liegt, passt denn bei dir die...